敦煌研究院是負責世界文化遺產(chǎn)敦煌莫高窟、天水麥積山石窟、永靖炳靈寺石窟，全國重點(diǎn)文物保護單位瓜州榆林窟、敦煌西千佛洞、慶陽(yáng)北石窟寺管理的地廳級綜合性研究型事業(yè)單位。辦院方針為“保護、研究、弘揚”。前身是1944年成立的國立敦煌藝術(shù)研究所，1951年改組為敦煌文物研究所，1984年擴建為敦煌研究院。

　　敦煌研究院設有黨委委員會(huì )、院務(wù)委員會(huì )、紀律檢查委員會(huì )、學(xué)術(shù)委員會(huì )和工會(huì )委員會(huì )；設有保護研究部、人文研究部、藝術(shù)研究部、文化弘揚部四大業(yè)務(wù)主管部門(mén)統籌協(xié)調和管理保護研究所、美術(shù)研究所、考古研究所、敦煌文獻研究所、文物數字化研究所、《敦煌研究》編輯部、敦煌學(xué)信息中心、接待部、敦煌石窟文物保護研究陳列中心、莫高窟數字展示中心、敦煌石窟監測中心、文化創(chuàng )意研究中心等12個(gè)部門(mén)的業(yè)務(wù)發(fā)展；設有辦公室、人力資源處、科研管理處、計劃財務(wù)處、審計處、保衛處、總務(wù)處、國際合作與交流處（港澳臺處）、網(wǎng)絡(luò )中心、新媒體中心、蘭州分院辦公室、紀檢監察室等12個(gè)職能部門(mén)；麥積山石窟藝術(shù)研究所、炳靈寺文物保護研究所、北石窟寺文物保護研究所、榆林窟文物保護研究所、西千佛洞文物保護研究所等5個(gè)直屬事業(yè)單位；敦煌莫高窟旅游服務(wù)公司、文物保護技術(shù)服務(wù)中心、甘肅恒真數字文化科技有限公司、甘肅莫高窟文化遺產(chǎn)保護設計咨詢(xún)有限公司、甘肅鴻文敦煌藝術(shù)研修中心等5個(gè)文化科技與創(chuàng )意企業(yè)；絲綢之路與敦煌研究中心、佛學(xué)研究中心2個(gè)人文社科研究平臺。

　　敦煌研究院現有在編職工421人，其中專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員319人，占在編職工總數的79.2%；高級專(zhuān)業(yè)技術(shù)職稱(chēng)97人、中級專(zhuān)業(yè)技術(shù)職稱(chēng)146人；博士學(xué)位28人、碩士學(xué)位75人、大學(xué)本科學(xué)歷234人，本科以上學(xué)歷人數占全院在編職工總數的83.2%。另外，因文物安全、旅游開(kāi)放等工作需要，聘用合同制職工950人，全院現有職工總數1371人。

　　敦煌研究院成立70多年來(lái)，依照黨和國家的方針政策，在中央有關(guān)部委和甘肅省委省政府以及各級政府部門(mén)的長(cháng)期關(guān)懷支持下，幾代莫高窟人攻堅克難，銳意進(jìn)取，逐步形成了“堅守大漠、甘于奉獻、勇于擔當、開(kāi)拓進(jìn)取”的“莫高精神”，以及符合文化遺產(chǎn)事業(yè)發(fā)展規律的“十位一體”戰略發(fā)展模式和“基于價(jià)值完整性的平衡發(fā)展質(zhì)量管理模式”。先后承擔省級以上科研課題140余項，發(fā)表論文3940余篇，獲省部級以上獎勵70余項，授權專(zhuān)利60余項，編制國家或行業(yè)標準17項。是國家古代壁畫(huà)與土遺址保護工程技術(shù)研究中心、古代壁畫(huà)保護國家文物局重點(diǎn)科研基地、甘肅省古代壁畫(huà)與土遺址保護重點(diǎn)實(shí)驗室、甘肅省古代壁畫(huà)與土遺址保護標準化技術(shù)委員會(huì )、科技部絲綢之路文化遺產(chǎn)保護國際合作研究基地的依托單位。

　　敦煌研究院已發(fā)展成為我國擁有世界文化遺產(chǎn)數量最多、跨區域范圍最廣的文博管理機構，在國內外具有相當影響力的遺址博物館、敦煌學(xué)研究實(shí)體、古代壁畫(huà)與土遺址保護科研基地，國家一級博物館。2010年在巴西召開(kāi)的世界遺產(chǎn)委員會(huì )第34屆會(huì )議上，莫高窟被譽(yù)為“有效保護與可持續旅游管理方法的典范”。